专用基金结余的概念
各级总预算会计管理的专用基金收入和支出年终相抵后的差额，是财政三项结余的一种。属于各级财政部门的净资产。专用基金结余属于各级财政部门的净资产，专用基金结余每年结算一次。年终财政部门将基金预算收入与基金预算支出相抵后，即为当年的专用基金结余。当年专用基金结余加上上年年末专用基金结余为本年年末滚存专用基金结余。
专用基金结余的计算方法
专用基金结余每年结算一次。年终财政部门将基金预算收入与基金预算支出冲光彩后，即为当年的专用基金结余。当年专用基金结余加上上年年末专用基金结余为本年年末滚存专用基金结余。专用基金结余的核算方法
1、财政部1997年6月颁布的《财政总预算会计制度》设置“专用基金结余”科目对专用基金结余进行核算。本科目用于核算总预算会计管理的专用基金收支的年终执行结果。2、年终转账时，财政部门将全年的“专用基金收入”科目的期末贷方余额转入“专用基金结余科目”的贷方，即，借记“专用基金收入”科目，贷记“专用基金结余”科目；
将全年的“专用基金支出”科目的末借方余额转入“专用基金结余”科目的借方，即借记“专用基金结余”科目，贷记“专用基金支出”科目。
3、“专用基金结余”科目的年终贷方余额，反映本年专用基金的滚存结余，转入下年度。
专用基金
专用基金是指事业单位按照规定提取或者设置的有专门用途的资金。《事业单位财务规则》第六章 专用基金管理 第二十三条
专用基金包括：
（一） 修购基金，即按照事业收入和经营收入的一定比例提取，在修缮费和设备购置费中列支（各列50%），以及按照其他规定转入，用于事业单位固定资产维修和购置的资金。
（二）职工福利基金，即按照结余的一定比例提取以及按照其他规定提取转入，用于单位职工的集体福利设施、集体福利待遇等的资金。
（三）医疗基金，即未纳入公费医疗经费开支范围的事业单位，按照当地财政部门规定的公费医疗经费开支标准从收入中提取，并参照公费医疗制度有关规定用于职工公费医疗开支的资金。
（四）其他基金，即按照其他有关规定提取或者设置的专用资金。
第二十四条 各项基金的提取比例和管理办法，国家有统一规定的，按照统一规定执行；没有统一规定的，由主管部门会同同级财政部门确定。