零余额账户是指财政部门和预算单位在办理直接支付和授权支付业务时，先由代理银行根据支付令（即拨款凭证，下同），通过财政部门零余额账户或预算单位零余额账户将资金支付到供应商或收款人账户。支付的资金由代理银行在每天规定的时间内与人民银行通过国库单一账户进行清算，将当天支付的所有资金从人行国库划到上述各账户，当天轧账后，各账户的余额均为零。
　　怎样设置零余额账户?
　　省级一级预算单位及无主管部门的行政事业单位，须填写《银行账户审批表》报省财政厅（基层预算单位填写《银行账户审批表》，报主管部门，主管部门还须填写《财政授权支付银行开户情况汇总申请表》，连同基层预算单位的《银行账户审批表》一并报省财政厅）；《银行账户审批表》经省财政厅审批后报人民银行，人民银行按规定核发《开户许可证》，预算单位持《开户许可证》，在省财政厅确定的代理银行所属分支机构内，自主选择预算单位零余额账户的开户银行，办理零余额账户开户和印鉴预留手续。
　　预算单位在改革实施前已由财政拨付的资金，继续在原开设的银行账户中使用和核算；原账户中相关用途的财政资金使用完毕后，从新开设的预算单位零余额账户中按规定支用有关款项。