是指专门范围、专门领域、特殊行业，在遵循一般物流规律基础上，带有特殊制约因素、特殊应用领域、特殊管理方式、特殊劳动对象、特殊机械装备特点的物流。特殊物流活动的产生是社会分工深化、物流活动合理化和精细化的产物，在保持通用的、一般的物流活动前提下，能够有特点并能形成规模，能产生规模经济效益的物流便会形成本身独特的物流活动和物流方式。
特殊物流-划分
按劳动对象的特殊性，有水泥物流、石油及油品物流、煤炭物流、腐蚀化学物品物流、危险品物流等；按数量及形体不同有多品种、少批量、多批次产品物流，超大、超长型物物流等；
按服务方式及服务水平不同有“门到门”的一贯物流、配送等；
按装备及技术不同有集装箱物流、托盘物流等；
按特殊的领域有军事物流、废弃物物流等；
按组织方式有加工物流等。
特殊物流-军事物流
军事物流学（Military Logistics），是计划与执行军事部队的运输与维护的艺术与科学。浅显的说就是军事行动中的：物料的研发设计，筹措，仓储，配送，维护，撤离与处置
人员的运输，撤离，医护
设施的建造，维护，运作与处置
服务的筹措与提供
物流是一门精确的科学。对于物料或服务的种类、时间、地点等要求并有数学公式或表格协助求解。因此负责的军官要并用科学与直觉。他们不但需要专业知识，也要知道军事行动其他部分的相互关系。
物流系统也可像互联网般，促进全球化。若要更进一步与世界连系，就得靠良好的物流管理系统。物流师即是负责物流系统管理的专才。物流的专业领域中，单是硬件设施是不足够的，最重要的是海、陆、空、火车，即所有运输线的联系（Connectivity），同时也不可忽略货仓的重要性。
特殊物流-废弃物物流
废弃物流是指将经济活动中失去原有使用价值的物品,根据实际需要进行收集、分类、加工、包装、搬运、储存等,并分别送到专门处理场所时所形成的物品实体流动。它仅从环境保护的角度出发,不管对象物有没有价值或利用价值，而将其妥善处理,以免造成环境污染。随着科学技术的发展和人民生活水平的提高，人们对物资的消费要求越来越高：既要质量好又要款式新。于是被人们淘汰、丢弃的物资日益增多。这些产生于生产和消费的过程中的物质，由于变质、损坏，或使用寿命终结而失去了使用价值。它们有生产过程的边角余料、废渣废水以及未能形成合格产品而不具有使用价值的物质；有流通过程产生的废弃包装材料；也有在消费后产生的排泄物：如家庭垃圾、办公室垃圾等。这些排泄物一部分可回收并再生利用，称为再生资源，形成回收物流。另一部分在循环利用过程中，基本或完全丧失了使用价值，形成无法再利用的最终排泄物利用，即废物。废弃物经过处理后，返回自然界，形成废弃物流。
回收物流与废弃物流不能直接给企业带来效益，但非常有发展潜力。
特殊物流-相关实例
5.12地震发生以后，在全国拥有强大物流系统和丰富供应商资源的家乐福优势不可替代。而家乐福也即刻利用自己的资源优势，把自己的系统嵌入到政府的救灾体系中，希望把家乐福的物流系统和庞大的供应商资源变成一条可以依赖的生命线。2008年5月13日早8时，家乐福召开紧急会议，组织成立救灾危机处理小组，小组由中国区副总裁吕中立负责，成员包括中西部地区成都和重庆的区域经理，采购主管等，每天会商1到2个小时。
2008年5月13日当天，家乐福调集自己的8辆运输车让自己的第一批物资——价值22万的生活必需品运往离成都最近的重灾区都江堰市。吕中立亲自押送，他说：“非典我们在这儿，雪灾我们也在这儿，今天我们还会在这儿，因为我们一直说家乐福（中国）是一个中国公司。”
“如果我们的供应出现问题的话，毫无疑问它会给成都的居民带来恐慌。”吕中立告诉《第一财经周刊》，除了保证成都所有门店生活用品供应充足、正常营业外，政府救援物资的供应也是重中之重，压倒一切。受灾地区有些急需的物资，会与红十字会进行沟通，由家乐福去寻找合适的供应商保证物资供应。
家乐福已把能提供的所有商品清单提供给四川省红十字会和相关机构，这些机构会在清单中根据灾区的需求打勾。
吕中立告诉《第一财经周刊》，家乐福不是对所有的商品在采购上都有优势，但是正在应对这种变化带来的挑战，因为家乐福的供应商基本上只跟日常生活有关，而灾区急缺的消炎药品、口服消炎药和帐篷等物资有时要经过很长时间才能找到供应商。
“比如我们供应商以前提供的都是家居用的手套，但是现在救灾战士使用的手套是专业的手套，因此我们就要寻找非供应商商品。而16日，家乐福从四川自贡采购的14000双专业手套刚刚运到成都，这样的救灾物品家乐福就是通过已有的供应商资源，再找到专业手套的生产厂家。”吕说。现在成都家乐福救灾中使用的普通口罩和部分专业口罩，也是从家乐福的供应商渠道中找到的。
为了救灾物资快速送达灾区老百姓的手中，家乐福在中国第一次改变了自己的物流模式。这个模式从家乐福向都江堰送第一批货开始就已运转。
“按照我们的物流模式，是我们下了订单，供应商把货物运到各个门店，然后再由门店进入政府指定捐助地点。现在已经启动了另一个系统，并且以这个系统为主来运转，即我们让供应商直接把货运到政府指定捐助地点比如红十字会，然后供应商再到家乐福签单这样一个程序。”