在基金的运作过程中，有一些必要的开支需基金承担，其中基金管理费和基金托管费是基金支付的主要费用。
　　基金管理费是支付给基金管理人的管理报酬，其数额一般按照基金净资产值的一定比例，从基金资产中提取。基金管理人是基金资产的管理者和运用者，对基金资产的保值和增值起着决定性的作用。因此，基金管理费收取的比例比其他费用要高。基金管理费是基金管理人的主要收入来源，基金管理人的各项开支不能另外向基金或基金公司摊销，更不能另外向投资者收取。在国外，基金管理费通常按照每个估值日基金净资产的一定比例（年率）、逐日计算，定期支付。
　　管理费费率的高低与基金规模有关，一般而言。基金规模越大，基金管理费费率越低。但同时基金管理费费率与基金类别及不同国家或地区也有关系。一般而言，基金风险程度越高，其基金管理费费率越高，其中费率最高的基金为证券衍生工具基金，如认股权证基金的年费率为1.5％--2.5％。最低的要算货币市场基金，其年费率仅为0.5％--1％。香港基金公会公布的其他几种基金的管理年费率为：债券基金年费率为0.5％--15％，股票基金年费率为l％--2％。在美国等基金业发达的国家和地区，基金的管理年费率通常为1％左右。但在一些发展中国家或地区则较高，如我国台湾的基金管理年费率一般为1.5％，有的发展中国家的基金管理年费率甚至超过3％。我国目前的基金管理年费率为2.5％。
　　为了激励基金管理公司更有效地运用基金资产，有的基金还规定可向基金管理人支付基金业绩报酬。基金业绩报酬，通常是根据所管理的基金资产的增长情况规定一定的提取比率。至于提取的次数，香港规定每年最多提取一次。