目前关区辟有呼和浩特国际航空港、二连浩特铁路、公路三个长期开放的口岸和珠恩嘎达布其、策克、甘其毛道三个中蒙季节性过货口岸。现呼和浩特海关下设副（厅）局级机构2个，正处级机构20个，副处级机构4个。内设机构有：办公室、通关管理和技术处、征统处、思想政治工作办公室、监察审计室；派驻机构有：现场业务处；隶属海关有：二连海关（1956年1月1日开关）、包头海关（1997年7月18日开关）；事业单位有：机关服务中心。走私犯罪侦查分局下设二连支局、包头支局。现关区在册员工305人，其中呼关84人，二连海关134人，包头海关32人，侦查分局55人。大专以上学历261人，本科以上学历143人。地处经济文化相对落后的边疆少数民族地区，点多线长、监管区域较广是呼和浩特海关业务工作的显著特点。建关以来，在海关总署的正确领导和地方党政部门的大力支持下，呼和浩特海关坚持“依法行政，为国把关，服务经济，促进发展”的海关业务指导思想，大力加强队伍及业务建设，积极采取各种措施服务经济，促进发展，关区业务建设取得了稳步的推进和发展。目前我关监管的贸易方式已包括一般贸易、加工贸易、边境小额贸易、边民互市贸易等多种类型，监管的部门也涵盖了货管、旅检、保税、邮检、稽查、免税品等较为齐全的业务门类。
1991年7月至2001年4月，呼和浩特海关累计监管进出境货物1100万吨，货值42亿美元；监管进出境人员508万人次；征收关税、代征税21亿元人民币；查缉走私违规案件464起，案值5.6亿元人民币，为国家和自治区对外贸易的发展和边疆少数民族地区的繁荣发展作出了积极的贡献。
呼和浩特海关业务基本呈区域状分布，关本部坐落于美丽的青城—呼和浩特市，除履行职能管理外，主要承担机场、邮局监管任务并办理呼市地区和乌兰察布市范围内的海关业务，业务门类比较齐全；隶属二连海关是国家一类口岸，是我国与蒙古国接壤的最大铁路和公路口岸，也是陆路连接欧亚最捷径的通道。二连口岸以一般贸易业务为主，行邮、旅检等业务为辅，业务量大，进出口商品主要是原油、原木、铜精矿、化工产品等大宗物资；隶属包头海关位于草原钢城，属于内陆型海关，辖区内国有大中型企业集中，以加工贸易和一般贸易转关运输业务为主，业务量呈逐年增长态势。除此之外，关区各关还均承担季节性口岸监管任务。
现任领导
葛连成，男，1954年5月出生，汉族，河北省满城县人，中共党员，大学专科毕业，现任呼和浩特海关党组书记、关长（正厅级），一级关务监督。1969年参加工作，先后在解放军武汉空军司令部、海关总署和呼和浩特海关工作，1998年以来先后任海关总署调查局副局长、全国打私办副主任、调查局副局长和稽查司副司长职务，2006年2月任呼和浩特海关关长、党组书记。主持呼和浩特海关全面工作。王富宽，男，1961年10月出生，汉族，内蒙古自治区达拉特旗人，中共党员，党校本科毕业，现任呼和浩特海关副关长、党组成员（副厅级），三级关务监督。1982年参加工作，先后在航空部国营红岗机械厂和呼和浩特海关工作，1995年以来先后任呼和浩特海关稽查筹备组组长、业务二处副处长、二连海关关长、党组书记职务，2002年1月任呼和浩特海关副关长、党组成员，分管关税处、统计处、财务处、机关服务中心、基建办公室。
格日勒图，男，1953年3月出生，蒙古族，内蒙古自治区太仆寺旗人，中共党员，大学普通班毕业，现任呼和浩特海关党组纪检组组长、党组成员（副厅级），二级关务监督。1968年参加工作，先后在二连海关和呼和浩特海关工作，1991年以来先后任呼和浩特海关业务二处副处长、监审室副主任、党组纪检组副组长兼监审室主任、人教处处长职务，2002年1月任呼和浩特海关党组纪检组组长、党组成员。分管稽查处、监审室。
孙铁燕，女，1954年5月出生，汉族，山东省掖县人，中共党员，党校本科毕业，现任呼和浩特海关副关长、党组成员（副厅级），二级关务监督。1969年参加工作，先后在内蒙古满洲里市粮食局、包头海关和呼和浩特海关工作，1993年以来先后任呼和浩特海关业务一处副处长、包头海关关长、呼和浩特海关办公室主任、调查局副局长、局长职务，2005年8月任呼和浩特海关副关长、党组成员。分管办公室、监管处、技术处、现场业务处、机场办事处筹备处、数据分中心，联系呼和浩特海关学会。
高志刚，男，1960年6月出生，汉族，吉林省柳河县人，中共党员，党校本科毕业，现任呼和浩特海关副关长兼缉私局局长、党组成员（副厅级），三级警监。1981年参加工作，先后在吉林省公安厅、长春海关和呼和浩特海关工作，1999年以来先后任长春海关走私犯罪侦查分局法制处副处长、处长、长春海关办公室主任、人教处处长职务，2006年9月任呼和浩特海关副关长兼缉私局局长、党组成员。分管缉私局。
程宏飞，男，1961年3月出生，汉族，辽宁省开原市人，中共党员，党校研究生班毕业，现任呼和浩特海关副关长、党组成员（副厅级），三级关务监督。1976年参加工作，先后在北京军区51046部队、内蒙古包头市司法局、包头市委组织部、包头海关和呼和浩特海关工作，1997年以来先后任包头海关副关长、关长职务，2007年1月任呼和浩特海关副关长、党组成员。分管人教处、政工办。