专项资金的概念
所谓专项资金，是国家或有关部门或上级部门下拨的具有专门指定用途或特殊用途的资金。这种资金都会要求进行单独核算，专款专用，不能挪作他用。在当前各种制度和规定中，专项资金有着不同的名称，如专项支出、项目支出、专款等，并且在包括的具体内容上也有一定的差别。但从总体看，其含义又是基本一致的。一般来说专项资金是指财政部门或上级单位拨给行政事业单位，用于完成专项工作或工程，并需要单独报帐结算的资金。也就是说，专项资金有三个特点：一是来源于财政或上级单位；二是用于特定事项；三是需要单独核算。专项资金按其形成来源主要可分为专用基金、专用拨款和专项借款三类。单位工作经费不足，单独行文申请的业务经费，是用于弥补经费不足的业务经费，不属于专项资金。
专项资金的构成与分类
目前对专项资金的构成尚没有统一的界定，从财政资金管理的情况看，在日常操作中，一般采用的是“扣除界定法”，即扣除经常性经费以外的，由财政安排或追加以及上级单位拨付的财政资金，全部作为专项资金。从支出性质分类，专项资金包括个人部分（如：专项补贴、专项奖励等）和公用部分（如：专项购置、专项修缮等）；从支出用途分类，可以将专项资金分为基本建设支出、专项业务费、专项支出购置、专项修缮和其他专项等。在财政部印发的《中央本级项目支出预算管理办法》中规定，项目支出预算是在基本支出预算之外编制的年度项目支出计划（或专项资金支出计划）。项目按照其性质可以分为基本建设类项目、行政事业类项目和其他类项目。对于地方而言，专项资金分类与中央项目支出分类基本一致，只是在资金来源和使用方面存在一些差别。地方专项资金来源主要是地方财政部门安排的预算内资金、预算外资金、上级补助或上级拨款的资金、政府性基金及转移支付资金等；地方专项资金的使用主要是地方政府承担的基础设施建设和发展及其他专项事业支出等。
专项资金占财政总支出的比重
在公共支出中专项支出所占比例较大，专项支出使用管理、支出方式和手段选择可以直接影响一定量财政资金的使用效率。当前对专项资金管理规定根据当前《行政单位会计制度》和《行政单位财务制度》规定，行政单位支出根据资金管理要求分为经常性支出和专项支出，经常性支出和专项支出的具体项目包括基本工资、补助工资、其他工资、职工福利费、社会保障费、公务费、业务费、修缮费、设备购置费、其他费用等。
这些专项支出，应当按照批准的项目和用途使用，并需要单独报帐结算，即应当与正常的拨款区分开 来，分别核算，同时接受有关部门的检查、监督。已完成项目的专项结余，报经主管预算单位或者财政部门批准后，方可使用。
此外，近年来财政部针对特定资金管理还制定了相关规定，如：财政部印发的《基本建设财务管理若干规定》对基本建设资金使用与管理制定了相关规定；另 外在印发的《中央本级项目支出预算管理办法》中对项目支出预算管理作出了原则性规定等；同时各地方财政部门结合本地特点，也出台了一些专项资金的管理办 法，如：北京市先后制定了《北京市自然科学基金资助项目经费管理办法》、《北京市科普活动专项经费管理办法》、《北京市科技新星计划经费管理办法》和《北京市创新创业资金管理办法》等一系列科技专项经费管理制度等。
这些制度、规定、办法的出台，无疑使专项资金从预算、执行、核算各个环节做到了有制可依，对规范管理起到了积极作用。但随着财政体制改革的不断深入，一些新的情况和问题，难以用现行制度予以解决和规范，亟待进一步探讨和研究。
专项资金管理的基本要求
各种专项资金的形成，建立、提取和使用都必须符合国家统一规定。对各种专项资金要单独核算，划清与生产经营性开支的界限，不能互相占用；建立专项资金使用管理责任制，努力提高其使用效率；
在资金的使用上，要坚持专款专用，量入为出的原则，使各项专用资金按规定的用途使用并达到预期目的。
专项资金审计的四个重要环节
专项资金具有项目多、金额大、使用范围广的特点，主要包括扶贫、农林水、教科文卫、交通能源和开发等资金。在实际工作中，对各项专项资金的审计有时不够全面深入，其主要原因是往往忽视了专项资金审计的几个重要环节：1、注重账簿审计，忽视实际项目的审计。审计往往只是将被审计单位的专项资金收支总账、明细账和记账凭证等会计资料送达审计组，审计完后即为审计结束。即使到实地查看工程，也是走马观花，没有认真丈量、记录，也没有计算材料实际用量与账面决算数所使用数量是否一致，看是否有高估冒算或实际使用量小于决算量的现象。
2、注重账面的收支凭证，忽视银行票据的审计。专项资金审计的传统方法是看账面收支凭证是否合理、合法、合规，而对银行票据的真实性和银行对账单的核对工作容易忽视。由于某些配套资金不能足额到位，多数采用配套资金空运行方式，即真拨付、后转回、账面反映配套资金到位了，而实际上根本没有到位，在实际工作中，只要查阅开户行银行对账单所反映的收支明细与被审计单位银行账收支栏目，就可能反映同等金额的一收一支，而且时间相近；还有一种情况是被审计单位账上反映现金增加而银行对账单没有记录付出，则采用现金支票存根联入账，提款联没有取款、主观上也不想取款，客观上也无款可取。只要重视加强对银行票据系列的审核力度，弄虚作假的现象便一目了然。
3、重视资金使用，忽视资金使用效益。主要看在建工程项目借方数或专项支出数，累加后与上级下达计划指标进行对比，看资金是否全部支出，全部支出即视为专项资金专款专用，没有被挤占、挪用，忽略了该项资金的使用经济效益，有的即便在审计报告中有所反映，也总是很勉强，其数据不够准确真实。形成的主要原因：一是某些地区或部门为了争取上级专项资金早日投入，项目立项具有盲目性、随意性，缺乏对当地经济社会等现实环境的可行性论证，从而降低了资金使用效益；二是工程项目竣工时间较短，还没有发挥应有的作用，效益不明显；三是由于审计人员少，时间短，根本不可能深入实地调查了解，往往是“从书本到书本”的反映效益；四是注意资金到位率，忽视资金到位的时间性。在对各项专项资金审计中，审计人员总是查找上级财政部门和主管部门联合下达的专项资金的指标文件，然后与同级财政部门专项资金额进行对比，计算资金到位率，比例大则资金足额到位，比例小则到位小，并在审计中予以评价。但是，较多当年下达的专项资金的指标，由于财力有限调剂其他用途，下拨渠道不畅等，拖欠到年底，有的甚至到第二年底才勉强拨付完毕，资金到位时间迟缓，严重影响工程项目设施建设。以上四个环节的审计是一个有机的整体，应同等对待，相互对应，互为牵制。这样才能在专项资金审计中客观、公正、真实地反映资金收支的全貌。