财政部国库支付中心业务上由国库司负责指导，是财政部门审核、监督财政资金收付工作的延伸。主要任务是：配合国库司建立和完善国库单一账户体系，从事国库集中收付制度改革后财政资金的审核、支付和会计核算工作，监管非税收入收缴，承担财政支付机构和收付系统内部的监督检查、系统维护及国债发行与兑付的管理业务。其职责如下:
　　一、预算指标及用款计划管理。接收国库司核批的部门用款计划和部门报送的下属单位的明细用款计划,复核部门预算指标、用款计划及下属单位的明细用款计划，监控部门预算指标及用款计划余额。
　　二、办理财政资金支付。接受并审核部门报送的财政直接支付申请,核定财政直接支付金额，开具财政直接支付指令；按用款计划下达财政授权支付额度通知；监督代理银行办理财政资金直接支付与财政资金授权支付业务。
　　三、监管非税收入收缴。配合国库司等有关部门确定非税收入收缴范围及收缴方式；监控执收票据的印制、发放、使用和核销；对执收单位和代理银行收入收缴执行情况进行监督检查；定期提供非税收入执行情况。
　　四、登记总分类账及明细账。处理收支结报并向国库司报送财政支出日报表及收入报表；登记收支总账、分类账和明细账；按期与国库司、预算单位和代理银行对账；进行有关收支信息统计分析。
　　五、管理各类账户。按统一制定的标准招标选择代理银行；办理有关账户的开立、变更和核销等事宜；监管各类账户使用范围。
　　六、国债发行和兑付管理。拟定季度国债发行计划和国债发行及兑付办法；组织国债发行招投标；编制国债发行、还本付息及费用预决算；经收国债发行款，核拨国债兑付资金及相关费用；跟踪市场信息，统计国债数据；提出国债发行与库款变动衔接的操作方案。
　　七、建设并维护收付管理信息系统。会同有关部门建设和完善收付管理信息系统；负责系统管理；监测系统安全；确定与部门、代理银行网上收支信息交换的范围和方式。
　　八、内部监督检查。制定收付系统内部管理和监督制度；对财政支付机构和收付系统内部进行监督检查；受理预算单位及收款人投诉；对资金收付过程进行监测并对疑点问题进行核查。
　　九、配合国库司推进财政国库管理制度改革。配合国库司制定国库收支管理制度、确定改革试点范围、指导地方国库管理制度改革等工作。
　　十、办理部领导交办的其他工作。