知识创新工程是国家创新体系建设的一部分。总体目标是：到2010年前后，把中国科学院建设成为瞄准国家战略目标和国际科技前沿、具有强大和持续创新能力的国家自然科学和高技术的知识创新中心；成为具有国际先进水平的科学研究基地、培养造就高级科技人才的基地和促进我国高技术产业发展的基地；成为有国际影响的国家科技知识库、科学思想库和科技人才库。工程试点分3个阶段，1998年至2000年为启动阶段；2001年至2005年为全面推进阶段；2006年至2010年为优化完善阶段。