一、创新方法论概述
创新方法论是研究创新过程中有没有逻辑顺序、规则、方法以及有什么样的顺序、规则与方法为宗旨的哲学研究。首先，要把创新方法论与科学研究方法论和科学发现方法论加以区别。
按照“创新”的定义，“创新不是科学或技术，而是价值……。创新不只是发生于组织之间的某种事，而是组织以外的一种变革。创新应以它对环境的影响来衡量。因此，一个工商企业中的创新始终必须以市场为中心，如果创新以产品为中心，很可能产生一些‘技术上的奇迹’，而报酬却另人失望。”（这相当于将技术发明专利束之高阁，实现不了市场价值，这也就说不上是创新。所以，创新不是以科学中的发现或技术上的发明作为其标准，而是以实现市场价值为其判别标准。
这中间特别要注意的是在发现或发明的成果与这些成果转化为新产品、新服务之间存在着一个巨大的差别，而恰恰是后者才能称作真正意义上的创新。它要求付出的劳动以及所花的代价比前者（即发现、发明）要大得多，困难得多。《科学时报》2002年8月14日有一篇题为《从企业为主体促进专利技术产业化》文章中说：“据统计预测，浙江省专利技术和产品的实效率以40%，其中宁波、温州、台州、绍兴等市高达50%以上这是该省把专利工作作为事关全省发展全局特别是技术创新大局的基础性、综合性工作来抓的结果。”（如果把专利的发明与使专利技术产业化的创新两者混淆起来，在实践中就有很大的危害性，人们误以外有了发明就有了创新，其实相比之下后者要难得多。如果认识不到在一点，那么技术发明的转化率低下是必然的。
硅谷之所以是创新的摇篮，是创新和创业精神的栖息地，就是因为它“不仅仅局限在取得的科学进步或技术的突破上。”“硅谷与众不同的不是这里发明的技术，而是把这些技术进行开发、利用并将其推向市场的在当地创建的企业。换句话说，硅谷的故事是企业尤其是创新企业（Start-Ups）进行技术开发与市场应用的历史。”
由上可见，创新与发现、发明并不是一回事，它们的成本和代价也都是不同的。正如德鲁克所指出的：“作为一种经验规律，如果把产生一种新思想上花费一美元。则在对之进行研究以便把它转化为一种新发现或新发明，就必须花费十美元。在‘研究’上每用十美元，在‘发展’（‘开发’）上至少要花费一百美元。在‘发展’（‘开发’）上花费一百美元，则在市场上引进和建立一种新产品或一个新企业就需要花费一千或一万美元。而只有在市场上建立了一种新产品或一种新企业之后，才能说已有了一种‘创新’。”
美国哈佛商学院教授，著名创新研究专家肯特（Rosabeth Moss Kanter）指出，“创新首先是人们能够迅速地了解一种市场需求。”“几十年的产品研究表明，使用者是刺激创新的第一要素……领导技术发展的公司现在意识到，他们必需创造一种新的商业概念而不简单的只是优秀的技术。”《第五项修炼》一书的作者彼得·圣吉说：“当一个新的构想在实验室被证实可行的时候，工程师称之为‘发明’(lnvention),而只有当它能够以适当的规模和切合实际的成本，稳定地加以重复生产的时候，这个构想才成为一项‘创新 ’(innovation)”
所以，创新与发现、发明不是一回事，因此，它们的方法论自然也是不同的。
其次，创新具有巨大的不确定性与风险。
科学发现或技术发明也有不确定性，其结果并不能事先预测或保证一定成功，在这种意义上发现与发明也有风险。但这种风险与创新的不确定性与风险无法比拟，后者的风险要大得多。著名创新研究专家，美国斯坦福大学经济学教授罗森伯格（Nathan Rosenberg）在谈到创新的不确定性与风险时，特别强调了“创新的尝试大多数情况下以失败告终，”并指出了财务风险的九大形式。
由于创新的不确定性因素非常之多，失败的可能性就很大，“即使是在能够正确预测当代95%的技术后果的3M公司里，也承认其50%的非相关产品或世界首创型创新都失败了。吉列(Gillette)公司每三个上市产品中只有一个能取得市场成功，而这三个产品是从100项前期技术研究中得到的。”可见，创新的风险是很大的。而且创新的不确定性和风险与创新主体的期望值成正比，即期望值越高、规模越大，风险就越大。德鲁克说，“绝大多数创新思想不会产生有意义的结果。创新思想正好像青蛙蛋一样，孵化1000个只能成熟一两个。因此，创新性组织中的经理人员要求那些具有创新思想的人员仔细思考一下，为了把创新思想变成一种产品、一种生产程序、一项业务或一种工艺技术，需要做些什么工作。”德鲁克这里所说的创新是通常意义上的创新，他要求人们重视并探究创新过程。
撰写《创新之战》一书的作者冯•布朗在谈到人们关于公司创新过程的讨论时说：“这一讨论表明尽管本世纪已积累了丰富的创新经验，但是将新产品成功地引入市场仍要冒很大的风险。既不能清楚的知道如何最好地开发新产品，也不能事先确定一种创新活动最终是否能取得成功。”
毫无疑问，如前面所指出的发现和发明也都有风险，都要付出代价，但比起创新活动来，风险会小得多。因为创新还必须与市场相联系，而市场的风险比起实验室内的发现、发明可能遇到的风险要大得多。
从上面的论述中可以知道，原初意义上的创新是连接科技与经济的桥梁，是科技转化为生产力的根本途径。所以，要强调指出创新大于科技，创新也不是单纯的经济，而是科技长入经济，这才是创新。举一个科技创新史上的例子。19世纪70年代，德国化学家李比希（Justus Von Liebig）提出了农作物生长的三要素（氮、磷、钾）理论（这是发现），1909年德国化学家哈伯(Fritz Haber)首次用空气中的氮和氢合成氨（这是发明）。哈伯的发明不久被德国巴登苯胺纯碱公司所接受与采纳，但从发明到生产出产品，其间经历了无数次的试验，单就为了获得较理想的催化剂就经历两万多次试验，到1913年第一个合成氨工厂才建成投产。这个过程就是创新过程，发现、发明，只是这个过程中的一部分。当然，这里决不意味着轻视发现、发明的重大意义，没有发现、发明、创新就成了无根之树、无源之水了。可以用下式来表达这个创新过程：
R&D→P&S→M→V
·P&D 即研究与开发，亦即科学技术过程；
·P&S 新产品与新服务
·M 市场
·V 价值
这是一个创新过程，研究这一过程是否有逻辑推理程序，是否有模式或方法，这就是创新方法论。不过，下面很快就会发现，这个公式是早期创新的线性程序，现在已远比这个程序复杂得多了。
二、创新过程从线性到非线性
1、线性创新模式的局限性最初的创新模式都是线性模式。线性模式认为，创新的起因与来源是科学，来源于基础研究，只要对科学（通常称上游端）增加投入就是直接增加（下游端）创新的产品，其公式为
R&D→中试→生产→销售
线性模式最典型的代表观点反映在美国罗斯福总统的科学顾问万尼瓦尔•布什（Vannever Bush,1890-197的《科学—无止境的前沿》的报告中。该报告有两个基本观点：（基础研究或纯研究本身是不考虑实际后果的；（基础科学有长远的根本性的意义，是技术创新的源泉。“受布什思想范式的影响，产生了由基础科学到技术创新，再转化为开发、生产和经济发展的模式。”这种模式是一种代表动态形式的一维的“线性模式”，即基础研究引起应用研究与开发；再依据创新是一种产品还是工艺，转到生产或经营。
所以，布什的观点可表达成这样一种线性形式，即：
基础研究→应用研究→开发→生产经营
美国学者D.E.司托克斯通过对巴斯德的工作所作的深入研究分析，从而揭示了布什的上述线性模式的局限性。司托克斯在《巴斯德象限—基础科学与技术创新》（Pasteurˊs Quadrant:Basic Science ane Technological Innovation,199一书中，肯定了布什观点的历史作用的同时，尖锐地指出了布什观点的局限性。司托克斯指出：
“然而，（布什的）这一范式的影响是有代价的，因为这种影响既朦胧又深刻。布什关于基础科学根本目的的表述，对科学工作的动机的解释过于狭隘；而他关于基础研究对技术进步的重要意义的论述，在说明技术创新的实际源泉方面也过于狭隘的结果，这些局限性使利用这一范式思考一系列政策问题的难度加大。这就需要对科学研究目标及科学发现与技术进步的关系有更清晰的认识。
司托克具体地指明了以下几点：
1、基础研究与应用研究之间并不界限分明，有的应用研究同时也是杰出的基础研究；
2、科学研究进程同时受认识目标和应用目标这双重目标的影响；巴斯德和其他许多研究中同时体现出双重目标的融合；
3、单一的线性模型描述由科学发现向技术创新的单向流动过于简单了；
4、 本在基础科学方面相对落后，但在生产技术上却取得巨大成功。这一实例表明，科学与技术之间的关系远比布什的单一线性关系要复杂。
现在知道，无论在自然科学领域还是在人文科学领域，其中也包括创新过程，都越来越从线性思维方式向非线性思维过渡。“生态经济或政治系统中的局部变化，都可能引起一场全球性危机。线性的思维方式以及把整体仅仅看作全部部分之和的观点，显然已经过时了。”
2、 创新过程的非线性机制
美国管理学者蒋世任（Felix Janszen）对创新的过程的非线性特征作了多年的潜心研究，取得了许多重要的理论成果和实际效应。他在《创新时代》一书中谈到，十多年前，在他开始作这一课题的时候，并不为人所理解。但随着信息网络的发展，网络时代使得经济系统非线性特点成为每个经济学家不可否认的事实，主流经济学家对